Đối tượng thanh tra gồm Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch và UBND 9 tỉnh, TP Hà Nội, Hải Phòng, Thanh Hóa, Thừa Thiên - Huế, Quảng Nam, Lâm Đồng, Bình Thuận, TP HCM và Cần Thơ.
Quá trình thanh tra, cơ quan thanh tra đã phát hiện nhiều khuyết điểm, vi phạm trong chấp hành chính sách, Pháp Luật trong thực hiện một số dự án tại TP Cần Thơ như: Dự án mở rộng làng du lịch Mỹ Khánh của Công ty TNHH Du lịch Sinh thái Mỹ Khánh đã tổ chức họp dẫn công bố quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 ngày 10/5/2012 theo quy định.
Đến tháng 6/2018, công ty đã thỏa thuận bồi thường được khoảng 150.115m2, đạt tỷ lệ 76,78% tổng diện tích dự án, diện tích còn lại chưa thỏa thuận bồi thường là 45.263m2.
Thời điểm kiểm tra, dự án chậm tiến độ so với giấy chứng nhận đầu tư 2 năm, chủ đầu tư mới chuyển đổi được 0,32 ha sang đất sản xuất kinh doanh, diện tích còn lại là đất cá nhân chưa chuyển đổi mục đích sử dụng. Tuy nhiên đã xây dựng các hạng mục theo dự án và đã đi vào hoạt động.
Trong năm 2015 và 2016, công ty sử dụng không đúng mục đích 19.079m2 đất (nguyên nhân chưa chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp sang đất phi nông nghiệp). Thế nhưng công ty đã kê khai nộp thuế sử dụng đất phi nông nghiệp năm 2017 và đã nộp thuế sử dụng sản xuất kinh doanh 19.701m2 (trong đó có 19.079m2 đất nêu trên) vào ngân sách Nhà nước đúng quy định.
Trong khi đó, tại dự án Khu du lịch cồn Cái Khế do Công ty CP Du lịch Cần Thơ làm chủ đầu tư, năm 2009, Cục Thuế TP Cần Thơ tiến hành xác định lại tiền thuê đất theo Nghị định 142 của Chính phủ và tính truy thu từ thời điểm 4/11/1994 đến năm 2006 của công ty với số tiền là hơn 2,2 tỷ đồng.
Theo thanh tra Chính phủ, quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định 142, công ty thuộc đối tượng phải xác định lại đơn giá thuê đất và đơn giá thuê này chỉ được áp dụng từ ngày 1/1/2006.
Do đó, việc Cục Thuế TP Cần Thơ tiến hành truy thu tiền thuê đất của công ty từ năm 1994-2005 là không đúng với quy định, tiền truy thu chỉ được tính từ ngày 1/1/2006 (số tiền truy thu sai quy định từ năm 1994-2005 là hơn 1,9 tỷ đồng, chưa tính tiền phạt chậm nộp).
Ngày 19/1/2016, Cục thuế TP Cần Thơ ra thông báo nộp tiền thuê đất năm 2016, trong đó giá thuê khoảng 32.612m2 đất, loại đất thương mại dịch vụ là hơn 1,6 tỷ đồng/năm. thanh tra Chính phủ cho rằng việc xác định giá thuê đất như trên là chưa phù hợp theo quy định tại khoản 2 Điều 4 Thông tư 333 của Bộ Tài chính.
Do đó, cơ quan thanh tra đề nghị Cục thuế TP Cần Thơ thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty CP Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định Thông tư 333.
Còn đối với dự án Khu đô thị và vui chơi giải trí cồn Khương của Công ty CP Đầu tư Phát triển miền Nam, ngày 10/11/2017, UBND TP Cần Thơ có quyết định về việc phê duyệt điều chỉnh đồ án quy hoạch chi tiết tỷ lệ xây dựng 1/2000 cho dự án. Sau điều chỉnh, Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Cần Thơ mới thực hiện hợp đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án.
Tại thời điểm kiểm tra, dự án đang thực hiện công tác đền bù, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng và tái định cư, chậm tiến độ so với kế hoạch.
Việc giải phóng mặt bằng của dự án gặp khó khăn do nhiều hộ gia đình, cá nhân không phối hợp trong việc đo đạc, kiếm đếm lập hồ sơ bồi thường, hỗ trợ và quận Ninh Kiều không còn nhà ở tái định cư...
